如vcfedit
摘要:vcfedit 是一个用于编辑 VCF(Variant Call Format)文件的命令行工具,VCF 文件是生物信息学中常用的格式,用于存储基因变异信息。vcfedit 可以用来添加、删除或修改 VCF 文件中的变异记录。 以下是一些使用 vcfedit 的基本示...,如vcfedit

vcfedit 一个用于编辑 VCF(Variant War Format)文件的命令行工具,VCF 文件是生物信息学中常用的格式,用于存储基因变异信息。vcfedit 可以用来添加、删除或修改 VCF 文件中的变异记录。
下面内容是一些运用 vcfedit 的基本示例:
-
查看帮助信息:
vcfedit --help -
编辑壹个 VCF 文件:
vcfedit example.vcf -
添加壹个新变异到 VCF 文件:
vcfedit example.vcf --add "CHROM=20 POS=12345 REF=G ALT=A" -
删除壹个变异:
vcfedit example.vcf --remove "CHROM=20 POS=12345" -
修改壹个变异:
vcfedit example.vcf --modify "CHROM=20 POS=12345 REF=G ALT=G,T" -
批量修改多个变异:
vcfedit example.vcf --modify-file modify.txtmodify.txt文件包含如下格式:CHROM=20 POS=12345 REF=G ALT=A CHROM=20 POS=12346 REF=G ALT=C
vcfedit 一个强大的工具,但运用前请确保了解其选项和参数,以避免不必要的错误,请确保在运用任何生物信息学工具时,都遵循相应的伦理和法规标准。
